ArduinoISPでつないで、ArduinoIDEから「ブートローダを書き込み」でOK。実際にブートローダが書かれるわけではないと思うが。
そのままでArduinoIDEでISPでプログラムを書き込める状態になっている。ArduinoISPは遅いのを我慢すれば使い勝手が良い。AVRISPmk2だとドライバの問題でArduinoIDEかAtmel Studioかどちらかの利用になる。どちらでも使えるようにする話もあったが、Windows8だとドライバ署名とかの問題で面倒っぽい。
ArduinoIDEからのブートローダの書き込みではFUSEビットを書き換えられないという情報があった。たまたまデフォルトの値で大丈夫ってことなのかな？
実証結果
買ったばっかのレールに入ったままのATtiny85Vを使って試してみた。いきなりISPでプログラムを書き込んだら、動作が遅い。1/8のプリスケーラが効いていない状態。
その状態で、「ブートローダを書き込み」を行った上で、再度ISPでプログラムを書き込んだら、予定通りの動作でした。やはりFUSEのうちDivide clock by 8 internallyは少なくとも「ブートローダを書き込み」によって書き換わっている様です。